フォントリンクだけで以前は特に問題なかったような気もするが…。
対処法をググって、次のページを見つけた。ちょうどよい大きさで表示されるようになった。
[Eclipse] Eclipse: Consolas + メイリオ の ClearType 表示私が試した環境は Windows 7 と Eclipse 4.2.1。
http://monado.dtiblog.com/blog-entry-128.html
レジストリエディタで以下のパスを開く。
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\FontLink\SystemLink
Microsoft Sans Serif の項目を開き、1行目に次のフォントリンク指定を追加する。
meiryo.ttc,Meiryo,128,72
再起動する。